Alerji tedavisinde temel olarak üç tedavi yöntemi kullanılır:

1. Alerjenden uzak durmak
Kişide alerjiye neden olan etkenlerden uzak durulması, tedavinin ilk ve en önemli aşamasıdır. Fakat, alerjik rinit gibi bazı alerjik hastalıklara neden olan faktörler çevremizde çok yaygın bulunduğu için bu korunma işlemi çok da kolay olmamaktadır. Buna rağmen kişinin alacağı bazı önlemler belirtilerin şiddetini azaltabilir.

2. İlaç Tedavisi
Alerji tedavisinde en sık kullanılan ilaçlar antihistaminiklerdir. Bu tür ilaçlar, özellikle, alerjene maruz kalmadan önce kullanıldığında daha faydalıdırlar ve en çok kaşıntı, akıntı ve hapşırma üzerinde etkilidirler. Hangi antihistaminin, hangi hastaya iyi geleceği denemelerle anlaşılır. Eğer bir ilaç size iyi gelmediyse ya da ilacın etkisi azalmaya başladıysa, doktorun yönlendirmesiyle diğer bir hapı denemelisiniz. Antihistaminikler çok faydalı olmalarına rağmen özellikle uykululuk hali yarattığı için kullanırken tereddüt edilebilir; fakat son dönemde üretilen bu tür ilaçlarda bu yan etki azaltılmıştır.

Antihistaminiklerden sonra diğer bir faydalı ilaç türü de kortizonlardır. Bu ilaçlar, yan etkiyi azaltmak adına genelde ağız ya da kalça yerine burundan sprey olarak alınırlar.

Tedavide, Ayrıca dekonjestan denilen burun spreyleri ve kromolin adı verilen ve alerjik reaksiyonları önleyen ilaçlar da kullanılır.

3. İmmünoterapi (Aşı Tedavisi)
Aşıyla alerji tedavisi, alerjiden kaçınmanın mümkün olmadığı ve (veya) ilaç tedavisinden fayda görülmediği durumlarda, alerjenin (aşının), düşük dozdan başlayarak, artan şekilde enjektörlerle cilt altına verilmesi yöntemi olan immünoterapi uygulanır. Bu şekilde, vücut bu maddeyi tanıyarak, alerjik reaksiyon göstermemeye programlanır. Aşılar haftada bir olarak başlayıp, genelde 3 ila 5 sene süren bir dönemde uygulanır.

Son yıllarda, alerjenin ağızdan (dilaltı) veya burundan damla şeklinde verilmesiyle de iyi sonuçlar alınabileceği saptanmıştır. 5 yaşın altındaki çocuklar, bağışıklık sistemi hastalığı olanlar, kanser hastaları, ağır psikolojik sorunları olanlar, tedaviye düzenli devam edemeyeceklerde aşı tedavisinin uygulanması zararlıdır.

İmmunoterapi güvenli bir ortamda ve uzman kontrolü altında yapılmalıdır. Hasta, her aşıdan sonra 30 dakika kadar bekletilerek, önemli bir reaksiyon gelişip gelişmediği kontrol edilmelidir. Aşıdan sonra yukarıda sayılan belirtilerden biri hissedilir hissedilmez, hemen doktora başvurulmalıdır.

Alerjiye bağlı, burunda et büyümeleri ve sinüzitin kronikleşmesi gibi durumlarda ise, hastalığın daha da ilerlememesi için ameliyat düşünülebilir.

Alerjik rinit tedavisinde son yıllarda çok sık kullanılan ve son teknoloji ürünü olan diğer yöntem ise, yüksek yoğunluklu soğuk bir ışık tedavisi olan medikal fototerapi (Rhinolight)'tır.