Sorunlar Internet Explorer'ın yaşadığı en büyük sorun internet dünyası tarafından koyulan standartlara uymaması ve kendi standartlarını dayatmasıdır. Internet Explorer 7'de de bu sorun sürmektedir. Ancak Internet Explorer 9 için çalışmalar sırasında Microsoft W3C'de görev almaktadır ve standartlara uyum sorununun büyük ölçüde giderilmesi beklenmektedir. Internet Explorer'a bu kadar çok teknolojinin bu kadar hızlı eklenmesi, güvenlik ile ilgili sorunlar yarattı. Porno ve hack siteleri başta olmak üzere birçok site Internet Explorer'ın eski sürümlerindeki açıkları kullanarak bilgisayarlara kendi kendine yazılımlar yükleyebilecek hale getirildi. Güvenlik sorunları hala tam olarak çözülemedi. Buna ek olarak, Internet Explorer ile Windows'u entegre etme fikri mahkemeler tarafından da yasal bulunmadı. Microsoft, tekelcilikle ilgili ABD ve ardından AB tarafından dava edildi. Microsoft, iki davadan ancak Windows'a bir "varsayılan program seç" düğmesi koyarak beraat edebildi. Son olarak Internet Explorer'ın Windows Vista ile çıkmış olan 7. sürümü de Windows XP Service Pack 2'den eski Windows işletim sistemlerini desteklememektedir.