Ritschl'in desteğiyle, Nietzsche Basel Üniversitesi'nden Filoloji profesörlüğü olarak oldukça cömert bir teklif aldı.[5]
1869 yılında Wagner, Nietzsche'yi, Tibschen'e davet etti. Noel için gittiği Wagner'lerde, ilk kitabı Die Geburt der Tragödie aus dem Geiste der Musik'i (Müziğin Ruhundan Tragedyanın Doğuşu) yazmaya başladı.
Daha sonra Alpler'e giden Nietzsche, Prusya vatandaşlığından çıkıp İsviçre vatandaşı oldu ve Prusya Fransa savaşına gönüllü sıhhiye eri olarak katıldı (1870).[6]
“ Karşımızda devlet var. Başlangıcı insana utanç verici. Çünkü devlet insanların çoğu için kurumak bilmeyen bir acı kuyusu, ikide bir buhranlara salarak onları tüketen bir alev. Ne var ki, çağırmaya görsün, ruhlarımız kendilerini unutuyor; kanlı çağrısına yığınlar koşa koşa gidiyor, kahraman oluyorlar.[7] ”
Frankfurt'ta, resmi geçit yapan bir süvari birliği görmüş ve o anı şöyle tasvir etmiştir:
“ En güçlü ve en yüksek yaşama isteminin sefil bir varoluş mücadelesinde değil, savaş isteminde, güç isteminde, yenmek isteminde olduğunu duydum ilk defa.[7] ”


Nietzsche, asker üniforması ile
Savaşı Fransa kaybetti ve Nietzsche savaşta, difteri ve dizanteri hastalıklarına yakalandı. Walter Kaufmann'a göre burada Nietzsche, ölümüne sebep olan sifilis'e de yakalandı. Daha sonra Nietzsche Basel'e geri döndü ve Üniversitede Homer ve Klasik Filoloji konularında dersler vermeye devam etti. Nietzsche burada Franz Overbeck ile de tanıştı. Overbeck, ölümüne kadar Nietzsche'nin arkadaşı olacaktı.
Yine bu dönemde Afrikalı Spir [8][9] ve meslektaşı Jacob Burckhardt, Nietzsche'yi konferanslarıyla etkilemişlerdi. Nietzsche, ilk kitabı Müziğin Ruhundan Tragedya'nın Doğuşu'nu bitirdi ve 1872'de yayımladı. Kitabı akademik çevrelerce beğenilmedi ve çok ağır eleştirilere maruz kaldı.
1872 ve 1876 yılları arasındaysa Nietzsche, Çağa Aykırı Düşünceler dörtlemesini yayınladı. Dörtlemeyi yayınladıktan sonra Nietzsche, Paul Ree ve Hans von Bülov, Malthilda von Maysenburg gibi isimlerle tanışmıştır.
1878'de evlenme teklifi yaptığı bir kadından ret cevabı aldı. Daha sonra sağlık problemleri iyice arttı ve üniversiteden istifa etmek zorunda kaldı. Sağlığına uygun yer aradı. Sils Maria, Cenova, Rapolla, Tunus, Turin ve Nice şehirleri bunlardan bazılarıdır.[10]
Nietzsche daha sonra Naumburg'a ailesini görmeye geldi. Fakat kız kardeşi ile aralarındaki gerginlik sürüyordu. Daha sonra arkadaşı, öğrencisi ve sekreteri Peter Gast'dan Basel'e gelmesi için bir davet aldı. Gast ve Overbeck çok yakın arkadaşlarıydılar. Malwida von Meysenbug, Wagner olayında Nietzsche'yi savunuyordu. Daha sonra Nietzsche bir müzik eleştirmeni olan Carl Fuchs ile iletişime geçti. Bu sürede edebî açıdan oldukça üretkendi. Yine bu dönemlerde Salome'a aşık oldu. Salome, Nietzsche'nin evlenme teklifini reddettikten sonra ilişkileri sona erdi. Nietzsche bu yüzden oradan ayrılıp Rapallo'ya gitti.