Hücrenin, dış ortamdaki bir maddeyi içerisine alması ve sindirmesi. Fagositoz sırasında, yutulacak cismin hücre zarına dokunduğu yerde içeri çökme başlar. Bu çökme, bir havuzcuk oluşturacak şekilde devam eder ve en sonunda hücre zarı, cismin çevresini tamamen sarar. Bu aşamada, cisim hücre içerisine alınmıştır ve çevresi koful zarıyla çevrelenmiştir. Daha sonra, kofulla, hücrenin sindirici enzimlerini taşıyan lizozomlar birleşir ve taşıdıkları enzimleri koful içerisine boşaltırlar. Yutulan cisim bu aşamada sindirilmeye başlar.
Vücut içerisinde fagosite edilecek cisimlerin bazı özellikleri olmalıdır. Aksi taktirde organizma kendi hücrelerini yemeye başlar. Bu da oldukça kötü bir hastalığın ortaya çıkmasına neden olur (örneğin; kas erimesi). Fagosite edilecek parçacığın yüzeyi pürüzlü ve pozitif (+) yüklüyse kolaylıkla fagosite edilir. Vücutta fagositozdan sorumlu hücrelere “makrofaj” adı verilir. Makrofajlar vücudumuzun doğuştan gelen bağışıklığını oluştururlar.