1992 yılındaki ilk uygulamadan beri mikroenjeksiyon alanında çok hızlı gelişmeler yaşanmakta. Özellikle erkek infertilitesi alanında çığır açan bu uygulamanın yaygın kullanıma girmesi ve tüm dünyada binlerce bebek doğmasına karşın oluşan gebeliklerde anomali olacağı kuşkusu her zaman gündemde ön sıralarda yer almakta.

Bu korkular iki ana temele dayanmaktadır. Bunlardan iki kadın ve erkek üreme hücreleri üzerinde çeşitli işlemlerin yapılması ile döllenmenin doğal olmayan yapısıdır. Döllenmeyi gerçekleştiren spermin doğal yollardan seçilmemiş olması her zaman bir soru işaretini beraberinde taşır. Öte yandan uygulama sırasında kullanılan iğnenin kadın yumurtasının duvarında ufak bir zedelenmeye yol açması da bu bebeklerde ileride sorun çıkabileceği kuşkusunu doğurur. İkinci neden ise erkek kısırlığının kalıtsal olup olmamasında yatar. Mikroenjeksiyon uygulamasının geliştirilmesi ile erkek kısırlığındaki genetik araştırmaların ilerlemesi aynı dönemlerde olmuştur. Bazı şiddetli erkek kısırlığı durumlarında Y kromozomunun kısa kolunda kırılma olduğunun saptanması ortaya çıkan sorunun erkek çocuğa iletilip iletilmeyeceğidir. Yapılan araştırmalarda genel olarak bildirilen anomali oranları doğal yollardan elde edilen gebeliklerdeki anomali oranları ile farklılık göstermemektedir. Günümüzde pek çok ekip mikroenjeksiyon gebeliklerinde sistematik olarak kromozom analizi yapmayı tercih ettiği için kromozom anomalisi oranlarını genel popülasyonla karşılaştırmak son derece zordur. Bununla beraber yapılan çalışmalarda oranlar arasında anlamlı bir farklılık ortaya çıkmadığı görülmektedir. Tıkanıklığa bağlı olmayan azorspermi (menide hiç sperm olmaması), ya da kanalların doğuştan olmaması gibi şiddetli erkek infertilitesi durumlarında kromozom anomalisi bulunma olasılığı yüksek olduğundan bu olgularda mikroenjeksiyon öncesinde mutlaka kromozom analizi yapılmalıdır.

Uzun dönem takip Mikroenjeksiyon tedavisi sonrası dünyaya gelen çocukların kısa ve orta dönem takiplerinde tedavinin herhangi bir olumsuz etkisinin olmadığı ortaya çıkmıştır. Ancak bu çocukların uzun dönem izlemleri son derece zordur. Belçika''da yapılan bir çalışmada 201 mikroenjeksiyon bebeği 2 sene süreyle izlenmiş ve genel popülasyon ile aralarında bir fark olmadığı saptanmıştır. Mikronejeksiyon bebekleri ile ilgili endişe uyandıracak bilimsel kanıtlar olmamakla birlikte bu çocuklarda uzun dönemde, ileri yaşlarda ortaya çıkabilecek problemler veya hastalıklar konusunda belirsizlik mevcuttur.

Erkek çocuklarda kısırlık riski Y kromozumunda problem olan ve kısırlık sorunu yaşayan çiftlerin erkek çocuklarına problemi aktarabilecekleri düşüncesi direkt olarak mikroenjeksiyon yöntemi ile değil çiftin kısırlık sorunu ile ilgilidir. Sperm parametreleri tamamen normal olan bazı erkeklerde yapılan incelemelerde de Y kromozomunda bu durumun olabileceği saptandığından beri problemin kısırlıktaki rolü bilimsel çevrelerde tartışılmaya başlanmıştır. Erkek ya da kadına bağlı genetik kökenli kısırlık olguları mevcut olmasına rağmen günümüzde bu tip kısırlık kaynağının sıklığını belirlemek olanaksızdır.Geniş epidemiyolojik veriler genetik nedenlerin kısırlıkta çok az bir rolünün olduğunu düşündürmektedir. Sonuç olarak ilk mikroenjeksiyon bebeğinin doğumundan bu yana 10 yıla yakın zaman geçmiş ve elde edilen veriler genel olarak bu yöntemin belirgin bir risk taşımadığını ortaya koymuştur. Ancak testis spermi ya da spermatid gibi olgunlaşmamış spermlerin kullanıldığı çok özel şartlarda yapılan mikroenjeksiyon uygulamalarında uzun dönem sonuçlar hakkında kuşkular hala daha devam etmektedir.