Enterik sinir sisteminin anatomik düzeni, sempatik ve parasempatik sistemlerle bağlantıları, gastrointestinal kontrolde önemli olan üç tip gastrointestinal refleksin oluşmasını sağlar. Bu refleksleri şöyle sıralayabiliriz:

1- Tümüyle enterik sinir sistemi içinde oluşan refleksler: Bunların içinde, gastrointestinal salgıyı, peristaltizmi, karıştırıcı nitelikteki hareketleri ve lokal inhibitör etkileri kontrol eden refleksleri sayabiliriz.

2- Barsaklardan prevertebral sempatik gangliyonlara giden ve buradan geriye, gastrointestinal kanala dönen sinyallerle gelişen refleksler: Bu refleksler sinyalleri gastrointestinal kanalda uzak mesafelere taşırlar. Böylece mideden başlayan sinyaller kolonun boşalmasına neden olur (gastrokolik refleks), kolon ve ince barsaklardan kaynaklanan sinyaller, midenin hareket ve salgı faaliyetini inhibe eder (enterogastrik refleks) ve kolondan başlayan refleks ileum içeriğinin kolona boşalmasını inhibe eder (kolonoileal refleks).

3- Barsaktan kaynaklanan, medulla spinalis yada beyin sapından gastrointestinal kanala dönen refleksler: Bunlar arasında özellikle mide ve duodenumdan beyin sapına giden ve mideye dönerek hareket ve salgıyı düzenleyen refleksler; tüm gastrointestinal kanalda genel bir inhibisyon yapan ağrı refleksleri; defekasyon için gerekli olan, kolon, rektum ve abdominal kaslarda güçlü kasılmalar yapan defekasyon refleksleri bulunmaktadır.