Orta Çağda, Katoliklerde katı dinsel inançlara karşı gelen kişileri cezalandırmak için kurulan kilise mahkemelerine verilen ad. On ikinci yüzyılın ortalarından başlayarak Batı Avrupa’da yaşayan halklar arasında ortaya çıkan din sapkınlıklarına son vermek üzere engizisyon mahkemeleri kuruldu.
Engizisyon mahkemelerinin yargılama yöntemleri inanılmayacak derecede sertti. Mahkemeler, engizisyon soruşturmasıyla başlar; kararlar halka açık bir vaaz sırasında verildikten sonra suçlulara hatalarını itiraf edene kadar bir aylık bir af süresi verilirdi. Af süresi içinde hatalarını kendiliklerinden itiraf edenler bağışlanırdı. Eğer bu süre içinde itirafta bulunulmazsa, belirli bir sistem uygulanarak önce halk sonra da şüpheliler bir avukat yardımı olmadan sorguya çekilirdi.

Sanık ya piskoposluk sarayında ya da bir manastırda yargılanırdı. Mahkemelerde suçlanan kişilerin avukat tutma hakkı yoktu. Şüphelilere karşı tanıklık yapanların adları açığa vurulmazdı. Mahkemelerde verilen cezalar zorla hacca ya da Haçlı Seferlerine gönderilmekten, ömür boyu hapis cezasına ya da yakılarak idam edilmeye kadar çeşitlilik gösteriyordu. Sorgulama sırasında sorgu yargıcı şüpheliye suçunu itiraf ettirmeye çalışırdı; bunun için sık sık işkenceye başvurulması gerekebiliyordu. İngiltere dışında tüm Hristiyanlık dünyasına yayılan engizisyon, 18. yüzyılın başlarında kaldırıldı