Eriugena'ya göre doğanın, birbirinden ayrı olan, dört alan vardır. Önce yaratılmamış olan, fakat kendisi yaratan doğa, yani "Allah" vardır. Eriugena yaratmayı Yeni Eflâtunculuktaki gibi anlar. Allah'tan, "Eflatun'un ideleri"ni içeren doğa oluşmuştur.

Bu ikinci alanda tüm varlıkların başlangıçsız ve sonrası olmayan örnekleri bulunur. Doğanın bu ikinci alam Allah tarafından yaratılmıştır. Ancak, kendisi de, yaratma gücüne sahiptir. Çünkü doğanın bu bölümünü oluşturan ideler eşyanın meydana gelmesine neden olur. Doğanın üçüncü alanını, yaratılmış olan ve kendileri yaratmaktan yoksun bulunan "cisimler" oluşturur.

Son olarak, doğanın bütününde ya da çeşitli alanlarında, yaratılmamış ve artık kendisi de yaratmayan doğaya; yani "Allah"a, sonunda gerçekleşecek olan, yeniden kavuşma "eğilim"i vardır. Eriugena'nın düşüncesine göre, Allah doğanın yalnız başında değil, sonunda da bulunur. Yani evren, Allah'tan başlayıp yine Allah'a ulaşan bir devir hareketidir. Doğanın tüm amacı, dönüp dolaşıp sonunda yeniden Allah'a ulaşmaktır.

Eriugena'nın Hıristiyan olmaktan çok Yeni Eflâtuncu olan bu görüşleri, aynı zamanda "olumsuz ilahiyat"ın da başlangıcı olmuştur. Eriugena'ya göre Allah konusundaki tüm savunduklarımız doğru olmaktan çok yanlıştırlar. Çünkü Allah için "mutlak güç sahibidir, bütünlüğün (vahdet) kendisidir vb.." dediğimde bütün bunlar, Allah'ın niteliğini tam olarak ortaya koyamayan ve koyamayacak olan sıfatlardır.

Bir cisme bir sıfat yüklediğimiz zaman, aynı zamanda, bu cismin bu niteliğin karşıtı olanlarını dışında bıraktığını söylemiş oluruz. Söz gelişi tebeşire beyazdır demek, aynı zamanda, tebeşir siyah değildir demektir de. Ancak Allah konusunda böyle bir yargıda bulunamayız. Çünkü Allah'ın var olduğunu bile söyleyemeyiz, zira Allah, aynı zamanda, her şeyin içinde kaybolduğu bir uçurumdur da.

Görülüyor ki Eriugena için ancak olumsuz ilahiyat mümkündür. Çünkü Allah'a bazı sıfatlar yükleyip de, bunların karşıtlarını kendisinden kaldıramıyoruz. Ayrıca Allah'ı "kavramak" da gelişi güzel bir objeyi kavramaya benzemez. Allah'ı kavramak istersek, yalnızca dikkatimizi kendisine yöneltmek yeterli değildir. Bunun için bilinci tümüyle susturmak, tam bir kendinden geçme durumu (cezbe) sağlamak gerekir.

Bu noktada Eriugena felsefesinin tam anlamıyla mistik olan yanıyla tanışmış bulunuyoruz. Bu türden düşüncelere, yani Allah'ı kavramak için kesinkes bilincin sınırlarını aşmak gerektiği ve Allah ile ancak kendinden geçme durumunda birleşebileceği görüşüne, Ortaçağ ve Yeniçağın tüm mistiklerinde rastlarız. Ancak gerçek ve saf Skolastiğin bu gibi mistik görüşleri reddedip, onlarla kavgaya tutuşmasını doğal karşılamak gerekir. Çünkü gerçek Skolastik, Allah'ın niteliğini "yargılarla" anlamaya çalışır.

Alıntı