Sultan Üçüncü Selim, 24 Aralık 1761 tarihinde, İstanbul'da doğdu. Babası Sultan Üçüncü Mustafa, annesi Mihrişah Sultan'dır. Annesi Gürcü asıllıdır. Kâhinlere inanan babası Sultan Üçüncü Mustafa, onların yeni doğan oğlu Selim'in eşsiz bir cihangir olacağını söylemeleri üzerine, büyük bir sevince kapılmış, yedi gün yedi gece bayram yapılmasını emretmiştir. Sultan Üçüncü Selim, doğum günündeki bu hava içinde büyüdü. Sarayda çok güzel bir şekilde yetiştirildi. Sultan Üçüncü Mustafa, kendisinden sonra oğlu Sultan Üçüncü Selim'in padişah olmasını istemişti. Ancak, babasından sonra padişahlığa amcası Sultan Birinci Abdülhamid getirildi. Sultan Birinci Abdülhamid, Sultan Üçüncü Selim'i sarayda göz önünde bulunduruyor, ancak yine de onun eğitimine önem veriyordu. Amcası Sultan Birinci Abdülhamid'in ölümü üzerine, Sultan Üçüncü Selim 7 Nisan 1789 günü, 28 yaşındayken Osmanlı tahtına oturdu.
Sultan Üçüncü Selim, edebiyata ve güzel yazı yazmaya çok meraklıydı. Yazmış olduğu hat ve levhalardan bazıları cami ve türbelere asılmıştır. Arapça ve Farsçayı çok iyi konuşuyordu. Merhametli bir insan olan Sultan Üçüncü Selim ciddi bir eğitim görerek yetişti. İyi bir şâir, tamburî, neyzen ve hânende idi. Bestekâr da olan Sultan Üçüncü Selim, güzel sanatlara düşkün ve açık fikirliydi, ancak zaafa varacak kadar yumuşak karakterliydi ve Osmanlı Devleti'nde batıcılığın yerleşmesini istiyordu.
Sultan Üçüncü Selim tahta çıktığı zaman, halk ona büyük ümitler bağladı. Halk genç hükümdarın, Osmanlı Devleti'ni o eski güçlü ve ihtişamlı devirlerine geri döndüreceğini düşünüyordu.
Sultan Üçüncü Selim, 29 Mayıs 1807 tarihinde Osmanlı padişahlığını Şehzade Mustafa'ya terk ettikten sonra bir yıl iki ay daha yaşadı. Alemdar Mustafa Paşa Olayı sırasında yeni padişahın adamları tarafından, 28 Temmuz 1808 tarihinde öldürüldü. Cenazesi, Lâleli Camii avlusunda babası Sultan Üçüncü Mustafa'nın yanına defnedildi.