Herakles’e emredilen ikinci iş Lerne ejderinin öldürülmesiydi. Dokuz başlı, kocaman korkunç bir yılan, müthiş bir ejderha, Argos körfezi civarındaki pis Lerne bataklığını kendisine yatak edinmişti. İninden çıktığı zaman kırları, tarlaları bozuyor, hayvan sürülerini yutuyordu. Onun nefesi zehirliydi, kim olursa olsun onu teneffüs eden canlı mahluk hemen ölürdü.
Argos kırlarının bu baş belası ile yaptığı savaşlarda Herakles’e sadık dostu İolaos yardım ediyordu. Müthiş ejder ile dövüşmeye giderken kahramanın şarını bu arkadaşı kullanıyordu. Her ikisi de bataklığın yanına geldiği zaman, Herakles ejderi saklandığı yerden meydana çıkarmak için kamışlar arasına uzun oklarından birini fırlattı. Ejder, dokuz başını birden kaldırarak kendini gösterince yanına yaklaştı, kalın sopasıyla başlarına birer birer vurarak ezmeye çalıştı. Fakat her baş ezildikçe yerine iki baş çıkıyordu. Böylece savaş bitmek, tükenmek bilmiyordu. Bu sebeple Herakles, sevgili dostu İolaos’ı yardıma çağırdı. İoalos hemen oracıkta bulunan ormanı ateşe verdi, yangından sıçrayan alevli odunlarla, ateşli saman meşaleleriyle ejderin yeniden çıkan başlarını yakıyordu. Bu suretle yeniden meydana gelmek isteyen başlar kavruluyor, teşekkül edemiyordu. Korkunç ejderin bütün başları ezilipte yalnız bir başı kalınca Herakles onu kesti yere gömdü ve üstüne kocaman bir kaya koydu. Ejder artık muazzam bir kadavradan başka bir şey değildi. ORadan ayrılmadan evvel Alkmene’nin oğlu, oklarını öldürdüğü korkunç yılanın zehirinde ıslattı ve böylece oklarını zehirli ve öldürücü oklar haline getirdi.